Bộ Quốc phòng Việt Nam Cộng hòa được tổ chức từ cơ quan Bộ Quốc phòng Quốc gia Việt Nam sau cuộc Trưng cầu dân ý năm 1955 thành lập Chính thể Việt Nam Cộng hòa. Nhiệm vụ của Bộ được xác định là bảo vệ Chủ quyền Quốc gia từ biên giới, không phận và lãnh hải (trong đó bao gồm các đảo, quần đảo) thuộc lãnh thổ kiểm soát của Việt Nam Cộng hòa.

Thời Đệ Nhất Cộng hòa, Bộ Quốc phòng được tổ chức theo mô hình Cơ quan Dân sự, do Tổng thống giữ trách nhiệm điều khiển.[1]. Giúp việc cho Tổng thống là một Bộ trưởng Phụ tá Quốc phòng và người đầu tiên giữ chức vụ này là ông Trần Trung Dung,[2] cựu Bộ trưởng đặc nhiệm tại Phủ Thủ tướng thời Quốc gia Việt Nam.[3] Tháng 5 năm 1961, Tổng thống Ngô Đình Diệm cải tổ Chính phủ. Tổng thống kiêm nhiệm Tổng trưởng Quốc phòng. Giúp việc cho Tổng thống là Bộ trưởng tại Phủ Tổng thống, kiêm Bộ trưởng Phụ tá Quốc phòng, tạm giữ chức Bộ trưởng Đặc nhiệm Phối hợp An ninh Nguyễn Đình Thuần.[4]

Tháng 11 năm 1963, các tướng lĩnh thực hiện Cuộc đảo chính lật đổ Chính phủ Ngô Đình Diệm. Trung tướng Trần Thiện Khiêm, Ủy viên Quân sự Hội đồng Quân nhân Cách mạng tạm thời phụ trách điểu khiển hoạt động của Bộ Quốc phòng cho đến khi Chính phủ Nguyễn Ngọc Thơ thành lập, với Trung tướng Trần Văn Đôn giữ chức vụ Tổng trưởng Quốc phòng. Tháng 11 năm 1964, dù vẫn giữ nguyên tên Bộ Quốc phòng, nhưng chức danh lãnh đạo được đổi thành Tổng trưởng Quân lực. Hai tháng sau, lại đổi trở lại thành Tổng trưởng Quốc phòng.

Trong thời gian Ủy ban Hành pháp Trung ương hoạt động, danh xưng của chức vụ đứng đầu Bộ Quốc phòng là Tổng ủy viên Quốc phòng, do Trung tướng Nguyễn Hữu Có nắm giữ. Đến thời kỳ Đệ nhị Cộng hòa, chức vụ này trở lại thành Tổng trưởng Quốc phòng cho đến tận năm 1975 với vị Tổng trưởng cuối cùng là cựu Trung tướng Trần Văn Đôn và Phụ tá là Đốc sự hành chính Tôn Thất Chước.